国务院台湾事务办公室是根据1988年9月9日第21次常务会议决定成立的国务院办事机构，是国务院直属事业单位。1991年3月国务院机构改革决定，国务院台湾事务办公室与中共中央台湾工作办公室一个机构两块牌子，列入中共中央直属机构序列。