福州市医疗保险管理中心于2000年10月成立，主要承担福州市市本级城镇职工与城镇居民基本医疗保险基金收支管理、国家机关公务员医疗补助、职工生育保险、对定点医疗机构和定点零售药店实施监管及对各县（市）和马尾区医保经办机构进行业务指导等工作。