中国农业大学研究生院设立于1984年，是教育部首批批准设立研究生院的院校之一。研究生院院长由校长柯炳生教授兼任，常务副院长为于嘉林教授。研究生院下设综合办公室、管理处、招生办公室、培养处、学位办公室五个处室。党委研究生工作部与管理处合署办公；中国农业大学研究生教育创新研究中心挂靠研究生院。